食品的核心价值体现在质量上，它不像其他商品那样有优等品、一等品、二等品、残次品等分类。在权健公司，生产出的产品只有合格品和不合格品两种。
在质量管理的发展过程中，权健公司的管理思路无疑是超前的，从产品质量由“检验”到“预防”，由“堵”到“疏”，再到生产的“全面质量管理”，不难看出权健公司在生产过程中的精细化要求与质量水平要求越来越高。
在生产工艺方面，权健公司拥有价值数千万元的GMP生产车间以及自动化生产线。打开权健公司生产车间的大门，身未入而味先行，一股清新的药材香气扑鼻而来，使人精神为之一震。站在耗资数千万的GMP生产车间一端放眼望去，绿色的地板和白色的墙壁交相呼应，光亮耀眼。
一线员工在进入GMP生产车间前，均在更衣室更换防尘防电的隔离服，并佩戴防护用具，以防止交叉感染。同时，员工还要进行手部清洁，用75%的酒精进行消毒。在更衣室与车间之间，有风淋室相连。员工在多人双吹风淋室中进行二次消毒、除尘。
在保证了工作人员良好的素质和正规操作流程的前提下，原料的加工流程直接影响产品的品质和质量。
实验室检测合格后的原料在进入生产车间前要除去外包装，避免粉尘等杂物对GMP生产车间造成污染。在整个生产过程中，原料始终与空气保持零接触，从而杜绝了二次污染。原料在进入车间后的第一步就是混料，在混料时，权健公司采取双人复核的形式，从而有效地避免了原料、数量出错的可能。
据权健公司的品控负责人介绍，混料后形成的半成品，要第二次进入权健独立的实验室进行检测，待各项指标均达标后，才能进入下一步的罐装程序。在产品的罐装过程中，前10次开机产出的产品，必须每袋称重，待产品重量符合要求后，才会批量灌装。同时，在批量灌装的过程中，工作人员会对产品进行自检，每隔一分钟抽检两三袋产品，对其进行检测、称重，以保证产品质量。
批量灌装后，生产出的成品经第三次送往权健实验室，产品的净含量、水分、灰分、菌落总数、大肠菌群及感观都会逐一被检测，各项目检测合格后方可进行包装。为保证产品的质量安全，如检测项目中一项不合格，则都会被视为不合格品，进行销毁。
与此同时，在生产过程中，还会有第三方政府部门，如质量技术监督局、食品药品监督管理局等对产品进行抽查。
因每个批次的产品不同，为防止混渣，在每批产品罐装后，工作人员会分别用水和酒精对车间从房顶到地面做彻底的清洁。与此同时，在生产过程中为防止粉尘，工作人员每天都会对车间的卫生进行消毒。
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